چربی غذای قزل آلای رنگین کمان استرگلیسرول و اسیدهای چرب هستند. به عنوان مهمترین منبع تولید انرژی در جیره غذایی محسوب می شوند. همچنین به عنوان منبع تامیین کننده اسیدهای چرب ضروری به شماره می روند. در ساختمان فسفولیپید ها که به عنوان ترکیبات ساختمانی غشاء های زنده محسوب می شوند چربیها به کار رفته اند. چربی غذای قزل آلای رنگین کمان همچنین به عنوان حامل هایی جهت جذب ویتامینهای محلول در چربی (E،K،D،A) و رنگدانه ها نقش دارند. نقش دیگر چربی ها به عنوان منبع استرولها می باشد، استرولها ضمن بر عهده داشتن وظایف وسیع بیولوژیکی، در ساخت برخی ویتامین ها و هورمونها نقش دارند.

چربی ها در آب غیر محلول هستند ولی می توان آنها را به وسیله حلالهای غیر قطبی مانند اتر، کلروفرم و بنزن از سلولها استخراج نمود از تجزیه چربیها، اسیدهای چرب حاصل می شود، تاکنون بیش از 70 نوع اسید چرب از نسوج گوناگون  جدا شده است که همگی دارای زنجیره هیدروکربن با یک عامل کربوکسیل انتهایی هستند. فرمول کلی اسیدهای چرب به صورت CH3-(CH2)n-COOH می باشد که n از صفر تا 40 متغیر است. ویژیگهای تغذیه ای، شیمیایی و فیزیکی اسیدهای چرب از طریق تعداد اتمهای کربن  در ملوکول  و همچنین از طریق تعداد و وضعیت پیوندهای دوگانه بین اتمهای کربن تعیین می شود.
 اغلب اسیدهای چرب طبیعی دارای یک گروه کربوکسیل منفرد و یک زنجیره کربن بدون انشعاب هستند. زنجیره کربن ممکن است بدون پیوند دوگانه باشد که به ان اسیدچرب اشباع گفته می شود و یا دارای یک پیوند دوگانه باشد که در این حالت به آن اسید چرب غیر اشباع یگانه (MUFA) و یا بیش از یک پیوند دوگانه باشد که در این حالت به آن اسید چرب غیر اشباع یگانه (PUFA) گفته می شود.
اسیدهای چرب با استفاده از علامتهای اختصاری قرار دادی بر اساس طول زنجیره کربن، تعداد پیوندهای دوگانه بین اتمهای کربن(درجه اشباعیت ) و محل قرار گرفتن پیوند دوگانه نسبت به گروه متیل (CH3) انتهایی طبقه بندی می شوند. برای مثال اسید لنولنیک که یک اسید چرب ضروری در رژیم غذایی قزل آلا ست با عبارت3-n3: 18شناخته می شود، یعنی این ملکول اسیدچرب دارای 18 اتم کربن و 3 پیوند دوگانه است. که محل اولین پیوند دوگانه بعد از سومین اتم کربن از سمت انتهایی متیل مولوکول قرار دارد. چربها و روغن ها (لپیدهای ساده) به صورت طبیعی در مواد غذایی یافت می شوند. رسوب چربی در اکثر حیوانات به صورت تری گلیسرید است.

اسیدهای چرب لینولئیک (C17H3COOH)، لینولنیک (C17H29COOH) و آرشیدونیک (C19H31COOH) به عنوان اسیدهای چرب ضروری برای آبزیان شناخته شده اند. براساس مشخص شده که ماهیان سرآبی به اسیدهای چرب گروه n-3 نیاز ضروری دارند، درحالیکه ماهیان گرمابی به ترکیبی از اسیدهای چرب گروه 3-n و 6-n یا تنها به اسید های چرب گروه 6-n نیاز دارند. نیاز ماهی قزل الای رنگین کمان به اسید چرب ضروری لینولئیک 3-n3: 18 در حدود 1% جیره غذایی بر اساس وزن خشک است.

منابع چربیهای اشباع نشده گروه 3-n روغن ماهی و گروه 6-n روغنهای گیاهی نظیر روغن سویا و آفتاب گردان است. استفاده از این منابع در غذای آبزیان چه برای تامین اسیدهای چرب ضروری بدن 3-n  وچه برای تولید انرژی ضروری است، به هنگام استفاده از چربی غذای قزل آلای رنگین کمان  از نوع اشباع نشده باید ترکیباتی چون ویتامین E به عنوان آنتی اکسیدان به جیره غذایی جهت جلوگیری از اکسیداسیون چربیها اضافه شود، در غیر این صورت این چربیها در مجاورت هوا با اکسیژن هوا با اکسیژن ترکیب شده و باعث فاسد شدن غذا ها می شوند.
       
بعضی از منابع چربی مانند روغن بذر پنبه حاوی اسید سیکلو پروپیونیک است که این اسید چرب با دخالت بعضی از آنزیمها بر روی متابولیسم پروتئینها و چربی ها اثر نا مطلوب دارد و باعث کاهش سوخت و ساز چربی ها و پروتئین ها می شود و از مصرف آنها در جیره غذایی باید خود داری کرد. هم اکنون تحقیقات زیادی در جریان است تا با کاهش میزان ترکیبات تغذیه ای این مواد و استفاده از آنها در جیره غذایی آبزیان ، بتوان قیمت تمام شده غذای مصرفی را کاهش داد. در تحقیقی که بر روی ماهیان قزل آلا 50 گرمی انجام شد، مقادیر  مختلف آرد پنبه دانه اصلاح شده ایرانی از صفر تا 100% به جای سویا در جیره غذایی ماهیان استفاده شده و در پایان 8 هفته پرورش این محققین اعلام نمودند که امکان استفاده از آرد پنبه دانه اصلاح شده به جای آرد سویا در جیره غذای ماهی قزل آلا  جهت کاهش قیمت تمام شده غذای این ماهی وجود دارد میزان گسیپول اندازه گیری شده در کبد این ماهیان نیز در این شرایط قابل اغماض گزارش شده است.
 میزان چربی غذای قزل آلای رنگین کمان حدود 20-15% از کل جیره غذایی مورد نیاز است. از طریق مصرف میزان مناسب چربی ، تجزیه پروتئین ها به منظور تولید انرژی کاهش یافته و امکان مصرف پروتئین جهت رشد سلولهای جدید و بافتها فراهم می شود. همچنین مصرف چربی بیش از اندازه در جیره غذایی قزل آلا باعث تجمع چربی اضافی در امعاء و احشا شده و افزایش چربی عضلات را به دنبال دارد. همچنین در این صورت  ممکن است ماهی به بیماری دژنرسانس چربی کبد مبتلا شود. بنابراین چربی غذای قزل آلای رنگین کمان به همان میزان مورد نیاز باشد.